自年FDA首次基于生物标志物微卫星不稳定性(MSI)批准派姆单抗的适应症[2],MSI的检测在临床已经较为普遍地开展。公开发表报道具有MSI-H变异可能的肿瘤有十多种,其中最常见于结肠癌,小肠癌,胃癌,子宫内膜癌,卵巢癌,胆囊癌和前列腺癌[3]。按照发病率计算,我国每年新发MSI-H患者高达32.4万例。那么,肿瘤患者如何选择靠谱的MSI检测产品呢?
一、NGS是检测MSI的趋势
1、NGS方法提高检测的成本-效益比
MSI-H在实体瘤中普遍占比较低,对于多数实体瘤患者,单独进行MSI检测的成本-效益比过低,而NGS-MSI检测可同时捕获多段基因组序列,在对肿瘤进行分子分型、检测可靶向驱动变异(覆盖编码区域在1.0Mb的大panel还可同时进行TMB评估)的同时,同步完成MSI状态评估,极大提高分子诊断效率,有利于降低样本用量[4];
2、NGS方法可以增加非结直肠肿瘤样本敏感度
NGSpanel可覆盖的微卫星位点高达数十至上千个,远多于传统PCR检测方法的5~7个,有望增加非CRC样本检测敏感度[4];
基于PCR方法,自年首次提出的5个位点(2B3D)之后,微卫星位点的选择经历多次变迁,经过增补替换后形成了现在的5~7个标志位点组合。思路迪在年推出的上市产品已经优化到MSI位点,极大地提高了检测的灵敏度。年新的OK伴侣产品上市则再一次升级,从TCGA全外检测中的多个位点,综合考虑各种指标,最终选取最优效的MSI位点,再次提高了非结直肠癌样本检测的灵敏度。
3、多数NGS-MSI算法采用正常人长度分布模型,无需额外准备正常组织作为对照,这对于临床基因检测实验室优势巨大[4]
4、NGS-MSI扩大MSI-H获益人群
传统的PCR方法虽然是检测MSI的金标准,目前仅能检测组织样本,并且对样本中肿瘤细胞的含量要求更高。但临床有部分患者因为各种原因并不适合获取组织(例如晚期患者),就会失去检测MSI的机会。NGS-MSI方法不仅可以检测组织样本,还可以使用ctDNA样本检测MSI(即bMSI),同样达到指导精准治疗的作用[5]。
二、思路迪“三管齐下“,打造可靠MSI检测产品
1、一看“双C认证”:思路迪拥有CAP和CLIA双C认证,且满分通过CAP关于MSI检测能力评审。
国际权威指南NCCN指南[6]和MSI检测的国内专家共识[4]共同推荐在具有CLIA资质的实验室进行MSI的检测(图1NCCN指南)。思路迪根据CAP和CLIA标准打造肿瘤NGS临床检测实验室和检测流程,并通过了CAP、CLIA双C认证,标志着上海思路迪医学检验所的质量体系以及出具的报告获得了全球互认。国内能同时拥有双C认证的实验室寥寥无几。并且,思路迪在年度CAP发布的MSI检测能力评估结果中,满分通过评审(图2和图3)。
图1最新NCCN结肠癌临床实践指南(V2)
图2思路迪满分通过CAP年上半年MSI检测能力评审
图3思路迪满分通过CAP年下半年MSI检测能力评审
2、二看“双重验证”:思路迪3D-MSI检测通过技术验证和临床疗效验证
专家共识[4]推荐所有基于NGS(采用组织或ctDNA样本)的MSI检测平台在应用于临床前,必须进行充分的可靠性认证及临床验证。近期发布在《循证医学》期刊上的一篇二代测序临床报告解读指引[7]也指出,一个NGSpanel需要整合一定数量的有效微卫星位点、构建相应的MSI算法并经过临床样本验证,才能准确报告MSI状态。思路迪认为,所有检测结果都是为临床精准治疗而服务的,无论是组织样本,还是ctDNA样本,不仅要进行了严格的技术验证,和金标准PCR法进行比较,还要进行临床疗效队列的验证。
·双重验证的组织MSI检测(3D-tMSI)
技术验证:通过和PCR在+泛癌种大样本中进行验证,选择最合适中国人群的阈值,在和NGS-MSI(mSINGS,MSISensor2,MANTIS)头对头比较中也凸显出3D-tMSI算法有着最优异的表现。3D-tMSI与金标准PCR检测方法一致性96.7%。
临床疗效验证:3D-tMSI进一步在临床上进行验证,内部研究数据表明,入组的53例胃肠肿瘤患者,通过3D-tMSI确认,其中34例患者MSI-H,19例患者MSS,MSI-H的患者PFS和OS显著高于MSS的患者,预示3D-tMSI可以精准预测胃肠肿瘤免疫治疗疗效,显著延长胃肠肿瘤患者的PFS和OS。(内部数据)
·双重验证的ctDNAMSI检测(3D-bMSI)[5]
技术验证:研究纳入经PCR-MSI检测确认的40例tMSI-H和例tMSS晚期胃肠肿瘤患者的外周血进行技术验证。该bMSI算法筛出33例tMSI-H患者和例tMSS患者,与组织PCR对照准确性达到94%(敏感性:82.5%,特异性:96.2%)
临床疗效验证:研究共纳入60例6年1月至年1月期间接受PD-1/PD-L1单抗单药治疗的晚期胃肠肿瘤患者。3D-bMSI检测结果显示,31例患者为bMSI-H,29例患者为bMSS,且两组基线特征几乎无差异(除LDH水平)。bMSI-H患者与bMSS患者相比,ORR显著升高(38.71%vs6.90%,P=0.);PFS时间显著延长(5.57个月vs2.03个月)(HR=0.;95%CI:0.~0.,P=0.),OS也显著延长(20.03个月vs10.07个月)(HR=0.;95%CI:0.~0.,P=0.)
3、三看专利技术:思路迪bMSI检测技术获得发明专利(图4)。
思路迪3D-MSI算法是已经申请专利的独特算法,保证检测的准确性。首先在探针设计、建库流程、测序参数调整和生物信息学分析方面都有针对性升级;其次,通过科学统计建模,以构建最优的评分模型,可最大程度地区分MSI-H和MSS状态;最后,相比其它检测方法,经过验证,3D-MSI算法在低肿瘤细胞含量的样本中,仍然可以稳定地检测检出MSI状态。
图4bMSI检测技术发明专利
设计虽繁不可偷工减料,验证虽贵也须止于至善。“三管齐下”打造可靠MSI检测产品:一看双C认证,二看技术临床双重验证,三看专利技术,不是每一分报告都叫思路迪。
参考文献[1]WilliamR.Jacobs,etal,Science,,:-.
[2]LeDT,etal.Science.;:-.
[3]LeeV,etal.Oncologist.6;21:-.
[4]结直肠癌及其他相关实体瘤微卫星不稳定性检测中国专家共识.
[5]JImmunotherCancer.Nov;8(2):e.
[6]NCCN结肠癌临床实践指南(V2)
[7]二代测序临床报告解读指引,10.1/j.issn.?..04.
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