BRCAReversionMutationsinCirculatingTumorDNAPredictPrimaryandAcquiredResistancetothePARPInhibitorRucaparibinHigh-GradeOvarianCarcinoma
CANCERDISCOVERY
背景
BRCA1/2是重要的同源重组修复（HRR）基因，此类基因突变与癌细胞对铂类药物和PARP类抑制剂的敏感性相关。PARP类抑制剂通过“合成致死”效应来杀死存在错配修复基因缺陷的癌细胞。
铂类药物和PARP类抑制剂获得性耐药的可能机制较多，其中一个重要的耐药机制为，癌细胞获得了回复性体细胞突变，这些突变一般为碱基置换或插入缺失，靠近原始蛋白截短突变，并能恢复原本受到破坏的阅读框架，从而使肿瘤细胞恢复同源重组修复能力。
目前为止暂无大型前瞻性研究来证实，在进行铂类为基础的化疗之后，在高级别卵巢癌（HGOC）患者中BRCA回复突变的出现频率以及评估这些患者使用PARP抑制剂后的获益情况。
基于上述问题，作者对名携带BRCA突变的高级别卵巢癌患者使用抑制剂前后的血浆进行了cfDNA检测，来研究Rucaparib抑制剂原发和继发耐药的情况（NCT）。
方法
患者队列和样本收集：
患者为在ARIEL2临床试验登记的，携带BRCA1/2胚系或体系突变的高级别卵巢癌患者。PART1患者入组前接受了至少一次铂类化疗，并且敏感，PART2患者入组前接受了3-4次铂类化疗。
治疗前、治疗中及治疗后均进行外周血采集。
PFS为从初次用Rucaparib至研究者评估的疾病进展或患者全部死亡。
platinum-refractory定义为，在最近一次的铂类治疗中患者疾病进展；platinum-resistant定义为，最后一次铂类用药后6个月内疾病复发；platinum-sensitive定义为复发间隔超过6个月。
治疗前后cfDNA检测流程如图：
有名符合条件的患者登记入组。因TP53是HGOC的常见突变，因此TP53突变可以作为肿瘤DNA在血液cfDNA中是否存在的指标。作者选取了97名TP53和BRCA突变同时检出的患者进行后续实验。
样本准备和NGS测序：
全血被储存在EDTA管中，并按常规方式进行试验，血浆样本采用全盲式检测，并使用IlluminaHiSeq测序仪进行高通量测序。
个接受cfDNA测序的患者中，有97人的肿瘤组织样本及59人的治疗前活检组织都进行了NGS测序。
为了证明回复突变使BRCA阅读框架回复，作者还进行了相关sanger测序。
结果
结果-1、在治疗前的样本中检测到BRCA回复突变
ARIEL2临床试验中治疗前在血浆cfDNA中检测到原发携带BRCA突变的患者的基线特征如下：
在97名患者中，有48人为platinum-sensitive，38人为platinum-resistant，以及11人为platinum-refractory。
在97名受检患者中，原发的BRCA体细胞突变检出率为31%，剩余患者均检出BRCA胚系突变。
BRCA体细胞突变的中位检出率为5.7%（range，0.18–77.4%）。
18%(2/11)的platinum-refractory型患者，13%(5/38)的platinum-resistant型患者以及2%(1/48)的platinum-sensitive型患者(P=0.)中检出了BRCA的回复突变。除了对铂类药物的敏感性，未发现其他与BRCA回复突变有显著相关性的基线特征。
8个样本的BRCA回复突变，有4个发生在BRCA1，4个发生在BRCA2。
5个platinum-resistant型患者中，有3名患者处于platinum-refractory的边缘。
对82位患者进行BRCA结合型分析显示，BRCA突变全部都是纯合的，说明在肿瘤部位野生型等位基因都发生了LOH，都为失活状态。
8个携带BRCA回复突变的患者中，有4人提供了肿瘤活检组织进行检测，其中1人（platinum-refractory型）检测到了BRCA1的大片段缺失（bp），恢复了开放阅读框架。
cfDNA检测同样可以在基线期发现回复突变，而且以NGS为基础的cfDNA检测能够捕捉多克隆异质性。
以一个platinum-resistant型患者为例，原发突变为BRCA1(c.GT，p.E*)，cfDNA中检测到四种回复突变（如图），而在肿瘤活检组织中，只有其中一种回复突变被检测到。
结果-2、治疗前cfDNA中的回复突变提示Rucaparib原发耐药
在治疗前的cfDNA中检测到BRCA回复突变的患者，在使用Rucaparib后，PFS要显著高于存在回复突变的患者（9.0monthsvs1.8months，HR，0.12；95%CI，0.05–0.26；P0.）。
在platinum-resistant或platinum-refractory亚组中，有无回复突变患者之间的mPFS仍然具有统计学差异（7.3monthsvs1.7months，HR，0.16；95%CI，0.07–0.42；P0.）。
7名platinum-resistant或platinum-refractory型携带BRCA回复突变的患者，与基线期相比，总目标病灶数都有增加。
结果-3、进展后的样本中BRCA回复突变的检测情况
对于7个治疗前即检出回复突变的样本，疾病进展后同样也检出了相应突变。
另外8个样本也在疾病进展后检出了回复突变，他们中大多数人都对Rucaparib治疗敏感。
根据治疗过程连续取样检测结果，在这8个样本中，4人在疾病进展之前即在cfDNA中检测到回复突变的存在，另外4人则是在疾病进展后检测到的。
结论和讨论
对于携带BRCA突变的HGOC患者，platinum-resistant或platinum-refractory型患者BRCA回复突变出现的概率要远大于platinum-sensitive型患者。
BRCA回复突变在platinum-resistant或platinum-refractory型HGOC患者的cfDNA中检出，与Rucaparib临床获益差相关。
cfDNA测序能发现多种回复突变，提示了其捕捉多克隆异质性的能力。
由于耐药机制有多种，是否存在回复突变应该成为Rucaparib耐药后后续治疗方案选择的参考指标。
吉因加科技
吉因加聚焦肿瘤精准防治大需求，基于NGS检测和肿瘤基因大数据两大平台，布局肿瘤防治全链条，建立临床基因检测服务、医疗器械制造、科研合作服务、健康人肿瘤防治四大业务方向，致力成为中国肿瘤精准防治的引领者。